This page was translated from a previous version of the English page. Some minor modifications have not been translated yet.
Jmol English Français Nederlands Español Home | Demonstratie pagina's | Websites
Documentatie | Wiki | Geschiedenis | Veelgestelde vragen
Browser Controle | Download | Project pagina's

Kleuren

Jmol kleuren
     Atomen ('CPK' kleuren, standaard element kleuren)
     Chains
     Chain Richting
     Lading
     Hydrogen bonds
     Iso-oppervlakten
     Positionele Variabiliteit
     Resten, Nucleotides
     Secondaire structuur
Bronnen
JavaScript kleuren
Netscape 8 bit kleurenpalet

Jmol kleuren

Objecten kunnen volgens wens gewijzigd worden in Jmol using door het color (of colour) commando:
color [object] [color / color scheme]

  • [color] wordt in decimalen uitgedrukt [rood, groen, blauw] of hexadecimaal [xRRGGBB]. (Voor de standaardkleuren en kleurwaarden in Jmol, die onderstaande tabel.)
  • [color scheme] wordt vastgelegd volgens vooraf gedefinieerde termen, gespecifieerd op deze pagina.
  • [object] kunnen atoms, bonds, backbone, cartoon, stars, rockets, ribbon, dots, label, echo, hbonds, ssbonds, axes, boundbox, measures, polyhedra, isosurfaces, pmesh of unitcell zijn.
  • indien het object wordt weggelaten, veronderstelt het programma atoms als object

Informatie over RasMol kleuren zijn toegevoegd voor diegene die RasMol en Chime-gebasseerd materiaal aanpassen voor gebruik in Jmol.


Atomen ('CPK' kleuren, standaard element kleuren)

Gerelateerde commando's:
color [object] cpk , set defaultColors jmol , set defaultColors rasmol

Stelt kleuren in voor elk atoom van het object volgens het element, zoals weergegeven in de tabel hieronder. Backbone weergaves zoals ribbons, cartoons, enz. worden getekend in de kleur van alpha carbons voor prote?nen, fosforus voor nucleicide zuren.

Standaard element kleuren, volgens de periodieke tabel:

Beweeg over een element om meer informatie te verkrijgen.
Klik* op een element om maar dezelfde informatie te gaan in de atoomnummer tabel hieronder.
*werkt niet in Internet Explorer.

Standaard element kleuren, volgens atoomnummer:

“CPKnew” schema enkel van toepassing op Rasmol v. 2.7.3 (of later); verschillen met de klassieke CPK worden aangegeven. CPKnew voor onbekende atomen is FA1691, lichtjes anders dan CPK FF1493, maar werd verwijderd voor behoud van overzicht in de tabel.


Chains

Gerelateerd commando: color [object] chain

Tekent elke chain in de structuur in een verschillend kleur. Dit kleurenschema is zeer handig voor het onderscheid in de onderdelen van een multimeric structuur of de individule DNA ketens bij een dubbele helix te bewaren.



Chain Richting

Gerelateerde commando's: color [object] group, color [object] monomer

'Group' gebruik een omgekeerde 'rainbow spectrum' (blauw -> groen -> geel -> oranje -> rood) om de vastgelegde groepen in te kleuren (bijvoorbeeld, resten of nucleotides) naargelang de positie. Het spectrum wordt enkel toegepast langsheen de vastgelegde of geselecteerde groepen in de chain. Voor proteïnen is de N terminus blauw en de C terminus rood. Voor nucleicide zuren, de 5' terminus is blauw en de 3' terminus is rood. Als een atoom in de groep wordt geselecteerd wordt de gehele groep geselecteerd.

Het kleurengroep commando:
  • werkt onafhankelijk binnen elke chain,
  • werkt op het geselecteerde of een specifieke set van groepen, die de gehele chain, en
  • gebruikt de groepindex binnenin de chain, niet het toegewezen nummer voor de groep in het model bestand.

'Monomer' is een variatie op 'group', verwijzend naar "monomers" in een "polymeer" eerder dan "groups" in een "chain". Een "polymeer" is een serie van met elkaar verbonden "monomers" (toch voor deze doelstellingen). Indien chain "A" een breuk heeft zal color monomer de 2 stukken van de chain "A" herkennen als aparte polymeren, elke onafhankelijk van rood naar blauw, ondanks het feit dat beide onderdelen als chain "A" in bestand zitten. HETERO groepen mogen deelnemen in een polymeer, afhankelijk hoe het pdb/mmCIF bestand werd opgemaakt, en zolang als ze een 'backbone pattern' hebben dat Jmol kan herkennen als een sequentie van individuele eenheden.

RasMol/Chime nota: De groepsindex is relatief t.o.v. de groepen van de chain die momenteel zijn geselecteerd. Dit verschilt van RasMol/Chime waar een groepsindex relatief is t.o.v. de volledige chain. Het "set hetero" commando is echter niet inbegrepen. Indien je "hetero" groepen wil uitsluiten selecteer je ze gewoon niet.



Lading

Gerelateerde commando's: color [object] formalCharge, color [object] partialCharge

Onderscheidt atomen gebasseerd op hun lading. Gebruikt een serie van rode kleuren om negatief geladen (electron-rijke) groepen en een serie van blauwe kleuren om positief geladen (electron-arme) groepen aan te duiden. Hoe groter de graad van de lading, hoe donkerder de kleur. Ongeladen groepen zijn wit van kleur. Het bereik bij formele ladingen ligt tussen -4 en +7; het bereikt voor gedeeltelijke ladingen ligt tussen -1 en +1.



Hydrogen bonds

Gerelateerd commando: color hbonds type

Kleurt hydrogen bonds in een proteïne gebasseerd op het aantal resten tussen de atomen die deelnemen in de bond. Een ander kleur wordt gebruikt voor hydrogen bonds in nucleicide zuren.



Iso-oppervlakten



Positionele Variabiliteit

Gerelateerde commando's: color [object] relativeTemperature, color [object] fixedTemperature

Color codeert elke atoom volgens de temperatuurfactor (B-factor, of Debye-Waller factor) waarde, opgeslagen in het PDB of mmCIF bestand. Dit geeft een graagd van de mobiliteit of onzekerheid van de positie van een atoom. Een hoog crystallografische B-factor kan een incorrecte structuur aangeven.

Hogere B-factor waarden (hoger positionele variabiliteit) worden in warmere kleuren (red) weergegeven en lagere waarden worden in koudere kleuren (blauw) weergegeven. Voor 'fixedTemperature' is de index relatief t.o.v. een absolute schaal tussen 0 en 100; voor 'relativeTemperature' is de kleur afhankelijk van de laagste en hoogste B-factor waarden in het bestand.

Nota: de temperature-factor velden in een PDB bestanden kunnen worden gebruikt om elke karakteristiek van de atomen in het model aan te duiden. Bijvoorbeeld, soms worden de velden gebruikt om een "scale" waarde te koppelen (zoals aminozuur variabiliteit in virale mutanten) met elk atoom in een PDB bestand.

Rasmol/Chime nota: temperature kan gebruikt worden i.p.v. relativeTemperature.



Resten, Nucleotides

Gerelateerde commando's: color [object] amino, color [object] shapely

'Amino' tekent elke van de 20 standaard aminozuurresten (evenals ASX en GLX) in een verschillende kleur, een totaal van 22 kleuren voor aminozuren, samen met een bijkomende kleur voor datgene wat nog geen standaard aminozuur rest heeft, AGX of GLX (inclusief nucleotides, solventen en niet-amino ligands).

'Shapely' differenti?le kleurennucleotides zowel als proteïnenresten, samen met het gebruikt van een andere kleurenset dan die voor 'amino'.



Secondaire structuur

Gerelateerd commando: color [object] structure

Gebruikt 6 verschillende kleuren om 4 proteïne secondaire structuren (alpha helices, beta sheets, turns en loops) te onderscheiden van DNA en RNA. De secondaire structuur wordt ofwel ingelezen uit het PDB bestand (HELIX en SHEET velden) indien dit beschikbaar is, ofwel vastgelegd door middel van een algoritme.



Bronnen

JavaScript kleuren

Netscape 8 bit kleurenpalet



Gehost door SourceForge Logo