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Colores

Colores usados por Jmol
     Átomos ('colores CPK', colores predeterminados para los elementos)
     Residuos: aminoácidos, nucleótidos
     Cadenas
     Estructura secundaria
     Gradientes
     Posición en la cadena
     Variabilidad posicional
     Carga
     Isosuperficies
     Enlaces de hidrógeno
     Fuentes
Colores de JavaScript
Paleta de colores de 8 bits de Netscape

Colores usados por Jmol

Se pueden colorear los objetos en Jmol usando la instrucción color (o colour):
color [objeto] [color o patrón de coloreado]

  • El [color] se especifica en forma de triplete decimal [rojo,verde,azul] o hexadecimal [xRRVVAA]. También puede ser un nombre de color reconocido por JavaScript, por RasMol o por Jmol. (Los colores predefinidos que usa Jmol y sus valores se indican en la tablas que siguen.)
  • El [patrón de coloreado] se indica usando términos predefinidos que se describen en esta página.
  • El [objeto] puede ser atoms, bonds, backbone, cartoon, stars, rockets, ribbon, dots, label, echo, hbonds, ssbonds, axes, boundbox, measures, polyhedra, isosurface, pmesh, unitcell.
  • si se omite el objeto, se usará atoms.

Se incluye alguna información sobre colores en RasMol para quienes estén adaptando a Jmol materiales basados en RasMol o Chime.

Muchos de los patrones de coloreado descritos a continuación sólo son aplicables para archivos PDB y mmCIF de biomacromoléculas.

Átomos ('colores CPK', colores predeterminados para los elementos)

Instrucciones relacionadas: color cpk , set defaultColors Jmol , set defaultColors Rasmol

Aplica colores a cada átomo del objeto de acuerdo con el elemento químico, según se indica en las tablas que siguen. Las representaciones del esqueleto, tales como cintas, esquemáticas, etc., se representan con el color de los carbonos alfa en el caso de proteínas, y con el del fósforo para ácidos nucleicos.

Colores predeterminados para los elementos, según tabla periódica:

Poniendo el puntero del ratón sobre cada elemento se muestra información.
Al hacer clic sobre un elemento avanzarás hasta su posición en la lista siguiente.

Colores predeterminados para los elementos, según número atómico:

El esquema “CPKnew” sólo es aplicable a Rasmol v. 2.7.3 (o posterior); sólo se muestran las diferencias con el CPK clásico. Nota: CPKnew para átomos desconocidos es FA1691, ligeramente diferente del CPK FF1493, pero se ha omitido en la tabla por claridad.

Residuos: aminoácidos, nucleótidos

Instrucciones relacionadas: color [objeto] amino, color [objeto] shapely

'amino' representa en un color propio los residuos de cada uno de los 20 aminoácidos canónicos (así como Asx y Glx), y con un color adicional todo lo demás (incluidos los nucleótidos, los disolventes y los ligandos). Algunos colores son comunes a dos o más aminoácidos que tienen propiedades similares.

'shapely' usa un juego diferente de colores para los aminoácidos (todos diferentes) y también colores diferentes para cada uno de los 6 tipos de nucleótido.


Cadenas

Instrucción relacionada: color [objeto] chain

Representa cada cadena del modelo con un color diferente. Este patrón de coloreado es particularmente útil para diferenciar las partes de una estructura multimérica, o las dos hebras de un DNA bicatenario. Los átomos de grupos HETERO (sólo en archivos PDB) se colorean en un tono diferente que los de campos ATOM: más oscuro para las cadenas A-Q,S, más claro para las cadenas R,T-Z.

El formato PDB requiere que cada identificador de cadena sea un carácter alfanumérico no en blanco. En consecuencia, en cada modelo de un archivo PDB se admite un máximo de 62 cadenas (26 veces 2, con las letras A-Z mayúsculas y minúsculas, más otras 10, con identificadores entre 0 y 9). Un ejemplo con 62 cadenas es 2zkr. Los archivos PDB obtenidos antes de la remediación de la base de datos pueden tener identificadores de cadena en blanco o no alfanuméricos (p. ej., signos de puntuación), pero esto actualmente ya no se permite. Aunque la cadena 'A' recibe el mismo color que la cadena 'a' (y así sucesivamente), se pueden seleccionar por separado (véase la instrucción set chainCaseSensitive).


Estructura secundaria

Instrucción relacionada: color structure

Utiliza colores distintos para diferenciar seis tipos de estructura secundaria en proteínas (3 tipos de hélices, hebras o láminas beta, giros y bucles) y el DNA del RNA. La estructura secundaria se lee del archivo PDB (campos HELIX y SHEET) o, si esa información no está disponible, se determina usando un algoritmo.


Gradientes

Se pueden usar diversas propiedades que varían en un intervalo continuo para colorear átomos y estructuras. En tales casos, Jmol usa varios gradientes de color, o "arco iris".

Arco iris directo (roygb)

rojo -> anaranjado -> amarillo -> verde -> azul

Arco iris inverso (bgyor)

azul -> verde -> amarillo -> anaranjado -> rojo

Gradiente rojo-blanco-azul (rwb)

rojo -> tonos de rojo-rosado -> blanco -> tonos de azul -> azul

Gradiente azul-blanco-rojo (bwr)

azul -> tonos de azul -> blanco -> tonos de rosado-rojo -> rojo

Arco iris bajo (low)

rojo -> anaranjado -> amarillo

Arco iris alto (high)

amarillo -> verde -> azul

Posición en la cadena

Instrucciones relacionadas: color [objeto] group, color [objeto] monomer

Se colorea mediante un arco iris inverso (bgyor), de acuerdo con la posición de los grupos o residuos (por ejemplo, aminoácidos o nucleótidos) a lo largo de una cadena.

(azul = nitrógeno = N-terminal = comienzo de la cadena = 5')
(rojo = oxígeno = C-terminal = final de la cadena = 3')

'group':

  • Se aplica el intervalo completo de colores a los grupos indicados o seleccionados de la cadena (es decir, la escala es relativa, no absoluta).
  • Se utiliza el orden de los grupos en el archivo, no el número que tienen asignado en el archivo.
  • El coloreado es independiente para cada cadena.

'monomer':

Una variación, relativa a "monómeros" en un "polímero" más que a "grupos" en una "cadena". Un "polímero" es una serie de "monómeros" conectados (al menos para este propósito).

  • Jmol interpreta el patrón de esqueleto en residuos consecutivos ("monómeros") para identificar "polímeros" continuos.
  • Si una cadena está interrumpida, las dos porciones de la cadena se reconocen como polímeros independientes y, por tanto, se colorean independientemente con el intervalo completo de colores, a pesar de que ambos trozos están marcados con el mismo identificador de cadena en el archivo.
  • De nuevo, la numeración de los grupos en el archivo es irrelevante.
  • Los grupos HETERO pueden formar parte de un polímero dependiendo de cómo estén etiquetados en el archivo PDB/mmCIF y siempre que tengan un patrón de esqueleto reconocible por Jmol como una secuencia de unidades individuales.

Nota para RasMol/Chime: En RasMol/Chime, el índice de un grupo es relativo a la cadena completa, mientras que en Jmol es relativo al conjunto de grupos de la cadena seleccionado en ese momento. Además, la instrucción "set hetero" no está disponible en Jmol. Si quieres excluir los grupos "hetero", no los selecciones.


Variabilidad posicional

Instrucciones relacionadas: color [object] relativeTemperature, color [object] fixedTemperature

Cada átomo se colorea, siguiendo un gradiente bwr, según su "factor de temperatura" (o factor B, o factor de Debye-Waller) guardado en el archivo PDB o mmCIF. Esto proporciona típicamente una medida de la mobilidad de un átomo dado, o la incertidumbre en su posición. Un factor B cristalográfico elevado puede indicar una estructura incorrecta.

(azul = frío = temperatura baja = estático/immóvil)
(rojo = caliente = temperatura alta = variable/móvil)

'fixedTemperature': el factor se refiere a una escala absoluta de 0 a 100.

'relativeTemperature': el color es relativo a los valores mínimo y máximo de factor B presentes en el archivo (no en la selección).

'relativeTemperature' tras 'set rangeSelected on': el color es relativo a los valores mínimo y máximo de factor B presentes en la parte del modelo seleccionada actualmente.

Nota: el campo del factor de temperatura en una archivo PDB es usado a veces por el autor del archivo para indicar cualquier otra propiedad de los átomos del modelo.

Nota para RasMol/Chime: En RasMol y Chime, 'temperature' (la única opción disponible) utiliza también una escala relativa, pero con un arco iris inverso (bgyor). En Jmol, 'temperature' hace lo mismo que 'relativeTemperature'.


Carga

Carga formal

Instrucción relacionada: color [objeto] formalCharge

Colorea los átomos según su carga formal, o estado de ionización. Usa un gradiente rojo-blanco-azul (rwb) restringido: tonos de rojo para los aniones, tonos de azul para los cationes, blanco para los átomos sin carga. El intervalo de valores manejado por Jmol para la carga formal es de -4 a +7, en una escala absoluta.

(rojo = oxígeno = carboxilo = negativo)
(azul = nitrógeno = amino = positivo)

Carga parcial

Instrucción relacionada: color [objeto] partialCharge

Colorea los átomos según su carga parcial, o densidad electrónica. Usa un gradiente rojo-blanco-azul (rwb): tonos de rojo para alta densidad electrónica, tonos de azul para baja densidad electrónica, blanco para neutro. El intervalo de valores para la carga parcial se ajusta de acuerdo con los valores mínimo y máximo presentes en el archivo (es decir, se usa una escala relativa a los valores del archivo, pero no a los del conjunto de átomos seleccionados).

(rojo = oxígeno = carboxilo = negativo)
(azul = nitrógeno = amino = positivo)

Nota para RasMol/Chime: En RasMol y Chime, 'charge' (la única opción disponible) está diseñado para archivos PDB que contienen cargas parciales en las columnas del factor B, y utiliza un gradiente arco iris directo (roygb) con una escala relativa a los valores presentes en el archivo. En Jmol, 'charge' hace lo mismo que 'formalCharge'.


Isosuperficies

Instrucción relacionada: isoSurface

Las isosuperficies (del disolvente, moleculares, orbitales...) se pueden colorear uniformemente o empleando un "mapa" de colores que refleja el valor de alguna propiedad en cada punto de la superficie (por ejemplo, el potencial electrostático molecular, la distancia, etc.). Para estos mapas están disponibles todos los gradientes de color predefinidos (así como los gradientes inversos), usando el parámetro 'colorScheme' de la instrucción 'isoSurface'.


Enlaces de hidrógeno

Instrucción relacionada: color hBonds type

Colorea los enlaces de hidrógeno de una proteína basándose en el número de residuos comprendido entre los átomos que participan en el enlace. Para los enlaces de hidrógeno en un ácido nucleico se emplea otro color diferente.


Fuentes


Colores de JavaScript


Paleta de colores de 8 bits de Netscape



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