Jmol

Ga naar de Demonstratiepagina's om knoppen en menu's in actie te zien

Overzicht

Jmol is een gratis, opensource moleculaire visualisatieprogramma voor studenten, docenten en onderzoekers in de chemie en biochemie. Het draait op Windows, Max OS/X en Linux/Unix-systemen.

• De JmolApplet is een webbrowserapplet die geïntegreerd kan worden met internetpagina's.
• De Jmol applicatie is een op zich staand programma dat op elke computer draait.
• De JmolViewer is een softwareontwikkelings-toolkit waarmee de visualisatiefunctionaliteit in andere Java-programma's gebruikt kan worden.

Jmol Version 11 is uitgebracht

Jmol Version 13.0 is uitgebracht.

Jmol v10 is een compleet herschreven versie van Jmol met een nieuwe architectuur. De ontwikkeling is begonnen in de lente van 2003 met het specifieke doel Jmol tot volwaardige Chime-vervanger om te vormen.

Jmol v10 bevat bijna alle mogelijkheden van eerdere Jmol versies en biedt bovendien enkele significante verbeteringen:

• echte 3D-engine zonder speciale hardware
• 24-bit kleuren met nauwkeurige licht en schaduw
• veel snellere rendering-snelheid
• werkt met grote macromoleculen in uitmuntende snelheid
• eiwit/DNA/RNA secondaire structuur weergave
• RasMol/Chime-script compatibel

Wat de recencenten zeggen

Jmol v10: I kan het niet geloven dat dit Java is!
En het is allemaal opensource, zodat ik alleen maar kan zeggen:
Haal het programma over voordat ze op zijn!
Het is just-in-time (JIT) voor kerstmis!

Warren L. DeLano, C/Python-ontwikkelaar
Principal Scientist, DeLano Scientific, Auteur van PyMOL
December 2004.

Jmol v10 Eigenschappen

• Gratis opensource programma met de GNU Lesser General Public Licentie (LGPL)
• Applet, applicatie, en componenten-bibliotheek
  • De JmolApplet is een webbrowser applet de in internetpagina's gebruikt kan worden. Het is perfect voor webgebaseerde cursussen en databases. De JmolApplet biedt een manier op gebruikers van de Chime plugin over te stappen op Jmol.
  • De Jmol applicatie is een Java programma dat op elke desktop draait.
  • De JmolViewer is een Java component dat ingebed kan worden in andere Java-programma's.
• Alle Java platformen
  • Windows
  • Mac OS X
  • Linux/Unix
• Ondersteund alle grote webbrowsers
  • Internet Explorer (Win32)
  • Mozilla/Firefox (Win32, OSX, *nix)
  • Safari (Mac OS X)
  • Opera 7.5.4 (Win32 only)
• Zeer snelle 3D-weergave zonder hardware eisen
• Bestandsformaten
  • CIF/mmCIF - International Union of Crystallography standard
  • CML - Chemical Markup Language
  • GAMESS - Gordon Research Group, Iowa State University
  • Gaussian 94/98/03 - Gaussian, Inc.
  • Ghemical
  • HIN - HyperChem from Hypercube, Inc.
  • Jaguar - Schrodinger, LLC
  • MOL/SDF - MDL Information Systems, Inc.
  • MOPAC 93/97/2002 - Schrodinger, LLC
  • PDB - Protein Data Bank
  • Q-Chem - Q-Chem, Inc.
  • SHELX
  • Spartan - Wavefunction, Inc.
  • Ghemical
  • NWChem
  • XYZ
  * Bestanden die met gzip zijn gecomprimeerd worden automatisch uitgepakt
• Animaties
• Vibraties
• Minimale weergave van de eenheidscel
• schematische weergave van secundaire structuren
• metingen
  • afstanden
  • hoeken
  • torsiehoeken
• ondersteuning RasMol/Chime scripttaal
• JavaScript-bibliotheek voor het gebruiken van de applet
• Exporteren naar .jpg, .pdf, en PovRay

Emaillijsten

Diegenen die interesse hebben in moleculaire visualisatie, en speciaal de educatieve en onderzoeksrichtingen worden met klem uigenodigd zich aan te melden op de jmol-users emaillijst waar u ideëen en ervaringen kunt uitwisselen, help kunt vragen en uw wensen over Jmol kenbaar kunt maken. De jmol-users archieven kunnen u veel informatie geven.

Diegenen die serieus geïnteresseerd zijn in het deelnemen aan de Jmol-gemeenschap worden aangeraden zich aan te melden op de jmol-developers emaillijst waar u veranderingen en nieuwe mogelijkheden kunt voorstellen, implementaties kunt bespreken, patches kunt insturen of op andere manier kunt mee helpen bij de verdere ontwikkeling van het programma. Ook hiervoor zijn jmol-developers archieven beschikbaar.

Gehost door