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Jmol: un visor Java de código abierto para estructuras químicas en tres dimensiones

icono Jmol

con prestaciones para compuestos químicos, cristales, materiales y biomoléculas

Jmol es una miniaplicación (applet) interactiva para el navegador web.

Aquí se ve una imagen estática, pero puedes obtener una representación animada de las prestaciones de Jmol haciendo clic aquí.

(La miniaplicación puede tardar algunos segundos en cargarse. Por favor, espera y no recargues la página mientras tanto.)

La última versión estable es Jmol 13.0
Resumen
Cómo citar Jmol
Qué puede hacer Jmol
     Ejemplos
     Prestaciones de Jmol
     ¿Qué dice la crítica?
Consigue Jmol
Aprende a usar Jmol
     Manuales y guías
     Aprende con ejemplos
     Comunidad de Jmol

Resumen

Jmol es un visor de moléculas gratuito y de código abierto para estudiantes, profesores e investigadores en química y bioquímica. Es multiplataforma, compatible con sistemas Windows, Mac OS X y Linux/Unix.

  • JmolApplet es una miniaplicación para el navegador web que puede integrarse en páginas web.
  • La aplicación Jmol es un programa autónomo en Java que funciona localmente en el ordenador, fuera del navegador.
  • JmolViewer es un conjunto de herramientas de desarrollo que se puede integrar en otros programas Java.

Cómo citar Jmol

La forma recomendada de citar Jmol es:
Jmol: un visor Java de código abierto para estructuras químicas en tres dimensiones. http://www.jmol.org/

Recuerda usar siempre 'J' mayúscula y 'mol' en minúsculas. (explicación).

Si lo prefieres, hay una lista de artículos que describen Jmol en la Wiki de Jmol.

Qué puede hacer Jmol

Ejemplos

Visita la sección Pantallas (imágenes estáticas) para ver ejemplos de lo que se puede hacer con Jmol
y las páginas de demostración para ver cómo funcionan los botones y los menús (miniaplicación interactiva).

Prestaciones de Jmol

  • Software gratuito y de código abierto autorizado bajo la GNU Lesser General Public License
  • Miniaplicación (applet), aplicación y componente para la integración en sistemas
    • JmolApplet es una miniaplicación para el navegador web que puede integrarse en páginas web. Es ideal para el desarrollo de material docente a través de la web y para bases de datos químicas accesibles por internet. La miniaplicación JmolApplet proporciona una vía de actualización para los usuarios del conector Chime.
    • La aplicación Jmol es un programa autónomo que se ejecuta localmente en el ordenador.
    • JmolViewer puede integrarse como un componente dentro de otros programas Java.
  • Multi-idioma
    • Traducido a numerosos idiomas: alemán (de), catalán (ca), checo (cs), chino (tanto zh_CN como zh_TW) coreano (ko), español (es), finés (fi), francés (fr), holandés (nl), húngaro (hu), indonesio (id), italiano (it), malayo (ms), portugués de Brasil (pt_BR), turco (tr), ucraniano (uk) (además del inglés americano nativo, en-US y del inglés británico, en_GB).
    • Adopta automáticamente el idioma del sistema operativo del usuario, si está entre las traducciones disponibles. Puedes cambiarlo a otro si quieres.
    • Para información actualizada o instrucciones para añadir tu idioma, visita la Wiki.
  • Multiplataforma
    • Windows
    • Mac OS X
    • Linux / Unix
  • Compatible con los principales navegadores: Internet Explorer, Mozilla o Firefox, Safari, Opera, Konqueror, IceWeasel, ...
  • Representación gráfica tridimensional de alto rendimiento sin requisitos de hardware
  • Formatos de archivo (véase también la sección file formats de la Wiki de Jmol):
    MOLEstructura de MDL / Elsevier / Symyx (versión clásica V2000)
    V3000Estructura de MDL / Elsevier / Symyx (versión nueva V3000)
    SDFEstructura de MDL / Elsevier / Symyx (múltiples modelos)
    CTFileTabla química de MDL / Elsevier / Symyx (genérico)
    CIFCrystallographic Information File - formato estándar de la Unión Internacional de Cristalografía
    mmCIFMacromolecular Crystallographic Information File - formato estándar de la Unión Internacional de Cristalografía
    CMLChemical Markup Language (lenguage químico de marcado)
    PDBProtein Data Bank - Research Collaboratory for Structural Bioinformatics
    XYZFormato XYZ, archivo de XMol - Minnesota Supercomputer Institute
    XYZ+vibFormato XYZ con información adicional de vectores de vibración
    XYZ-FAHFormato XYZ para Folding@home
    MOL2Sybyl, Tripos
    AlchemyTripos
    CSFEstructura química de Fujitsu CAChe, ahora Fujitsu Sygress
    GAMESSFormato de salida de General Atomic and Molecular Electronic Structure System (variantes US y UK) - Gordon Research Group, Iowa State University
    GaussianFormato de salida de Gaussian 94/98/03 - Gaussian, Inc.
    CubeGaussian, Inc.
    GhemicalPaquete de química computacional Ghemical
    MM1GPArchivo de mecánica molecular de Ghemical
    HINArchivos HIN o HIV de HyperChem - Hypercube, Inc.
    JaguarSchrodinger, LLC
    MOLPROFormato de salida de Molpro
    MOPACFormato de salida de MOPAC 93/97/2002 (dominio público)
    MGFFormato de salida graphf de MOPAC 2007 (v.7.101) (dominio público)
    NWCHEMFormato de salida de NWChem - Pacific Northwest National Laboratory
    odydataDatos de Odyssey - WaveFunction, Inc.
    xodydataDatos XML de Odyssey - WaveFunction, Inc.
    QOUTQ-Chem, Inc.
    SHELXStructural Chemistry Department, University of Göttingen (Germany)
    SMOLDatos de Spartan - Wavefunction, Inc.
    spinputDatos de Spartan - Wavefunction, Inc.
    GROFormato Gromos87 de GROMACS
    PQRFormato pdb modificado que incluye carga y radio
    AmberPaquete de programas de simulación molecular Amber
    JMEJava Molecular Editor - Peter Ertl
    CASTEPPaquete de programas CASTEP, utiliza teoría del funcional de la densidad
    FHI-aimsTeoría del potencial completo / estructura electrónica con todos los electrones con orbitales locales - Fritz-Haber-Institut der Max-Planck-Gesellschaft
    VASPVASP / VAMP / Vienna ab-initio simulation package
    DGridMiroslav Kohout, Max-Planck Institute
    ADFFormato de salida de ADF - Amsterdam Density Functional
    XSDAccelrys Materials Studio
    AGLArgusLab
    DFTWien2k
    AMPACFormato de salida de AMPAC - Semichem, Inc.
    WebMOInterfaz WebMO para paquetes de química computacional
    MoldenDensidad electrónica / orbitales moleculares
    PSI3Formato de salida del paquete de programas de química cuántica PSI3
    CRYSTALFormato de salida de CRYSTAL, una herramienta de computación para química del estado sólido y física. Grupo de Química Teórica, Univ. Turín, Italia.
    * Los archivos comprimidos con gzip se descomprimen automáticamente
  • Animaciones
  • Vibraciones
  • Superficies
  • Orbitales
  • Respaldo para la celdilla unidad y operaciones de simetría
  • Formas esquemáticas para las estructuras secundarias de biomoléculas
  • Mediciones
    • distancia
    • ángulo
    • ángulo de torsión o diedro
  • Compatibilidad con el lenguaje de instrucciones de RasMol/Chime
  • Biblioteca de apoyo en JavaScript (Jmol.js)
  • Exporta a jpg, png, gif, ppm, pdf, POV-Ray, Gaussian, Maya, vrml, x3d, idtf, página web.
  • Para más detalles, consulta el historial de desarrollo.

¿Qué dice la crítica?

Jmol v10: ¡no puedo creer que sea Java!
Y también es código abierto, así que no hay nada que objetar.
Consiga su copia ahora, antes de que se agoten esas máquinas virtuales Java.
¡Justo a tiempo para Navidad, por lo que he oído!
Warren L. DeLano, shell-shocked C/Python developer
Principal Scientist, DeLano Scientific, Autor de PyMOL
Diciembre de 2004.

Consigue Jmol

Jmol v. 13.0 es la última versión oficial y estable.
Puedes conseguir también versiones preliminares, que están en desarrollo para ampliar la funcionalidad (versiones con número impar como 11.7, 11.9, 12.1, 12.3)

Puedes conseguir la última versión estable directamente en este enlace de descarga. O, si te interesan otras versiones o las preliminares, lee los detalles en la página de descargas.

Al ser un archivo .jar, la aplicación Jmol se mostrará con un icono de Java. Si quieres que se muestre un icono de Jmol, puedes conseguir uno en la Wiki de Jmol.

Aprende a usar Jmol

Manuales y guías

Se ha publicado un manual para aprender Jmol y hay también otras publicaciones acerca de Jmol.

Hay también una lista de guías diseñadas para aprender a usar Jmol, y más ayudas, en la Wiki de Jmol.

Por último, hay una sección de documentación en esta misma sede web, con detalles más técnicos.

Aprende con ejemplos

También puedes aprender examinando páginas web que utilizan Jmol: páginas de demostración en esta sede web y una lista de sitios web que usan Jmol dentro de la Wiki de Jmol.

Comunidad de Jmol

Wiki de Jmol

Un sitio mantenido por los propios usuarios donde se recopila un montón de información sobre el uso de Jmol. ¡Más dinámico y actualizado con más frecuencia que esta sede web! -- visita la Wiki de Jmol

Listas de difusión por correo

Animamos a las personas interesadas en la visualización molecular, en especial en las comunidades educativa y de investigación, a que se apunten a la lista de correo jmol-users o incluso a la lista de correo jmol-developers. Alli podrán intercambiar ideas y experiencias, solicitar ayuda, aportar comentarios y sugerencias, solicitar nuevas prestaciones o cambios, discutir la implementación, enviar parches o aportar código.

Sin suscribirte a ninguna lista puedes igualmente buscar en los archivos que recopilan todos los mensajes enviados a las listas.

Para más información, visita la sección Páginas del proyecto.



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