Jmol: un visor Java de código abierto para estructuras químicas en tres dimensiones

con prestaciones para compuestos químicos, cristales, materiales y biomoléculas

Jmol es una miniaplicación (applet) interactiva para el navegador web.

Aquí se ve una imagen estática, pero puedes obtener una representación animada de las prestaciones de Jmol haciendo clic aquí.

(La miniaplicación puede tardar algunos segundos en cargarse. Por favor, espera y no recargues la página mientras tanto.)

Resumen

Jmol es un visor de moléculas gratuito y de código abierto para estudiantes, profesores e investigadores en química y bioquímica. Es multiplataforma, compatible con sistemas Windows, Mac OS X y Linux/Unix.

JmolApplet es una miniaplicación para el navegador web que puede integrarse en páginas web.
La aplicación Jmol es un programa autónomo en Java que funciona localmente en el ordenador, fuera del navegador.
JmolViewer es un conjunto de herramientas de desarrollo que se puede integrar en otros programas Java.

Cómo citar Jmol

La forma recomendada de citar Jmol es:
Jmol: un visor Java de código abierto para estructuras químicas en tres dimensiones. http://www.jmol.org/

Recuerda usar siempre 'J' mayúscula y 'mol' en minúsculas. (explicación).

Si lo prefieres, hay una lista de artículos que describen Jmol en la Wiki de Jmol.

Qué puede hacer Jmol

Ejemplos

Visita la sección Pantallas (imágenes estáticas) para ver ejemplos de lo que se puede hacer con Jmol
y las páginas de demostración para ver cómo funcionan los botones y los menús (miniaplicación interactiva).

Prestaciones de Jmol

Software gratuito y de código abierto autorizado bajo la GNU Lesser General Public License

Miniaplicación (applet), aplicación y componente para la integración en sistemas

JmolApplet es una miniaplicación para el navegador web que puede integrarse en páginas web. Es ideal para el desarrollo de material docente a través de la web y para bases de datos químicas accesibles por internet. La miniaplicación JmolApplet proporciona una vía de actualización para los usuarios del conector Chime.

La aplicación Jmol es un programa autónomo que se ejecuta localmente en el ordenador.

JmolViewer puede integrarse como un componente dentro de otros programas Java.

Multi-idioma

Traducido a numerosos idiomas: alemán (de), catalán (ca), checo (cs), chino (tanto zh_CN como zh_TW) coreano (ko), español (es), finés (fi), francés (fr), holandés (nl), húngaro (hu), indonesio (id), italiano (it), malayo (ms), portugués de Brasil (pt_BR), turco (tr), ucraniano (uk) (además del inglés americano nativo, en-US y del inglés británico, en_GB).

Adopta automáticamente el idioma del sistema operativo del usuario, si está entre las traducciones disponibles. Puedes cambiarlo a otro si quieres.

Para información actualizada o instrucciones para añadir tu idioma, visita la Wiki.

Multiplataforma

Windows

Mac OS X

Linux / Unix

Compatible con los principales navegadores: Internet Explorer, Mozilla o Firefox, Safari, Opera, Konqueror, IceWeasel, ...

Representación gráfica tridimensional de alto rendimiento sin requisitos de hardware

Formatos de archivo (véase también la sección file formats de la Wiki de Jmol):

MOL Estructura de MDL / Elsevier / Symyx (versión clásica V2000)

V3000 Estructura de MDL / Elsevier / Symyx (versión nueva V3000)

SDF Estructura de MDL / Elsevier / Symyx (múltiples modelos)

CTFile Tabla química de MDL / Elsevier / Symyx (genérico)

CIF Crystallographic Information File - formato estándar de la Unión Internacional de Cristalografía

mmCIF Macromolecular Crystallographic Information File - formato estándar de la Unión Internacional de Cristalografía

CML Chemical Markup Language (lenguage químico de marcado)

PDB Protein Data Bank - Research Collaboratory for Structural Bioinformatics

XYZ Formato XYZ, archivo de XMol - Minnesota Supercomputer Institute

XYZ+vib Formato XYZ con información adicional de vectores de vibración

XYZ-FAH Formato XYZ para Folding@home

MOL2 Sybyl, Tripos

Alchemy Tripos

CSF Estructura química de Fujitsu CAChe, ahora Fujitsu Sygress

GAMESS Formato de salida de General Atomic and Molecular Electronic Structure System (variantes US y UK) - Gordon Research Group, Iowa State University

Gaussian Formato de salida de Gaussian 94/98/03 - Gaussian, Inc.

Cube Gaussian, Inc.

Ghemical Paquete de química computacional Ghemical

MM1GP Archivo de mecánica molecular de Ghemical

HIN Archivos HIN o HIV de HyperChem - Hypercube, Inc.

Jaguar Schrodinger, LLC

MOLPRO Formato de salida de Molpro

MOPAC Formato de salida de MOPAC 93/97/2002 (dominio público)

MGF Formato de salida graphf de MOPAC 2007 (v.7.101) (dominio público)

NWCHEM Formato de salida de NWChem - Pacific Northwest National Laboratory

odydata Datos de Odyssey - WaveFunction, Inc.

xodydata Datos XML de Odyssey - WaveFunction, Inc.

QOUT Q-Chem, Inc.

SHELX Structural Chemistry Department, University of Göttingen (Germany)

SMOL Datos de Spartan - Wavefunction, Inc.

spinput Datos de Spartan - Wavefunction, Inc.

GRO Formato Gromos87 de GROMACS

PQR Formato pdb modificado que incluye carga y radio

Amber Paquete de programas de simulación molecular Amber

JME Java Molecular Editor - Peter Ertl

CASTEP Paquete de programas CASTEP, utiliza teoría del funcional de la densidad

FHI-aims Teoría del potencial completo / estructura electrónica con todos los electrones con orbitales locales - Fritz-Haber-Institut der Max-Planck-Gesellschaft

VASP VASP / VAMP / Vienna ab-initio simulation package

DGrid Miroslav Kohout, Max-Planck Institute

ADF Formato de salida de ADF - Amsterdam Density Functional

XSD Accelrys Materials Studio

AGL ArgusLab

DFT Wien2k

AMPAC Formato de salida de AMPAC - Semichem, Inc.

WebMO Interfaz WebMO para paquetes de química computacional

Molden Densidad electrónica / orbitales moleculares

PSI3 Formato de salida del paquete de programas de química cuántica PSI3

CRYSTAL Formato de salida de CRYSTAL, una herramienta de computación para química del estado sólido y física. Grupo de Química Teórica, Univ. Turín, Italia.

* Los archivos comprimidos con gzip se descomprimen automáticamente

Animaciones

Vibraciones

Superficies

Orbitales

Respaldo para la celdilla unidad y operaciones de simetría

Formas esquemáticas para las estructuras secundarias de biomoléculas

Mediciones

distancia

ángulo

ángulo de torsión o diedro

Compatibilidad con el lenguaje de instrucciones de RasMol/Chime

Biblioteca de apoyo en JavaScript (Jmol.js)

Exporta a jpg, png, gif, ppm, pdf, POV-Ray, Gaussian, Maya, vrml, x3d, idtf, página web.

Para más detalles, consulta el historial de desarrollo.

¿Qué dice la crítica?

Jmol v10: ¡no puedo creer que sea Java!
Y también es código abierto, así que no hay nada que objetar.
Consiga su copia ahora, antes de que se agoten esas máquinas virtuales Java.
¡Justo a tiempo para Navidad, por lo que he oído!
Warren L. DeLano, shell-shocked C/Python developer
Principal Scientist, DeLano Scientific, Autor de PyMOL
Diciembre de 2004.

Consigue Jmol

Jmol v. 13.0 es la última versión oficial y estable.
Puedes conseguir también versiones preliminares, que están en desarrollo para ampliar la funcionalidad (versiones con número impar como 11.7, 11.9, 12.1, 12.3)

Puedes conseguir la última versión estable directamente en este enlace de descarga. O, si te interesan otras versiones o las preliminares, lee los detalles en la página de descargas.

Al ser un archivo .jar, la aplicación Jmol se mostrará con un icono de Java. Si quieres que se muestre un icono de Jmol, puedes conseguir uno en la Wiki de Jmol.

Aprende a usar Jmol

Manuales y guías

Se ha publicado un manual para aprender Jmol y hay también otras publicaciones acerca de Jmol.

Hay también una lista de guías diseñadas para aprender a usar Jmol, y más ayudas, en la Wiki de Jmol.

Por último, hay una sección de documentación en esta misma sede web, con detalles más técnicos.

Aprende con ejemplos

También puedes aprender examinando páginas web que utilizan Jmol: páginas de demostración en esta sede web y una lista de sitios web que usan Jmol dentro de la Wiki de Jmol.

Comunidad de Jmol

Wiki de Jmol

Un sitio mantenido por los propios usuarios donde se recopila un montón de información sobre el uso de Jmol. ¡Más dinámico y actualizado con más frecuencia que esta sede web! -- visita la Wiki de Jmol

Listas de difusión por correo

Animamos a las personas interesadas en la visualización molecular, en especial en las comunidades educativa y de investigación, a que se apunten a la lista de correo jmol-users o incluso a la lista de correo jmol-developers. Alli podrán intercambiar ideas y experiencias, solicitar ayuda, aportar comentarios y sugerencias, solicitar nuevas prestaciones o cambios, discutir la implementación, enviar parches o aportar código.

Sin suscribirte a ninguna lista puedes igualmente buscar en los archivos que recopilan todos los mensajes enviados a las listas.

Para más información, visita la sección Páginas del proyecto.