Jmol English Français Nederlands Romana Español Inicio | Páginas de demostración | Sitios web
Documentación | Wiki | Historia | Preguntas frecuentes
Verificación del navegador | Descarga | Páginas del proyecto

Historia del desarrollo de Jmol

Noticias
Orígenes de Jmol
Jmol crece
Jmol: un sustituto de código abierto para el conector Chime
Jmol deja atrás a Chime
Historial de cambios
Colaboradores

Noticias

Los anuncios relativos al desarrollo de Jmol se publican en la página de noticias del proyecto en SourceForge.

Orígenes de Jmol

Jmol se concibió originalmente como un sustituto plenamente funcional de XMol, que era un programa de visualización molecular desarrollado en el Centro de Supercomputación de Minnesota. Aunque se distribuyeron los programas ejecutables, el código fuente no estaba disponible para los usuarios y, puesto que el programa no se ha mantenido, las versiones binarias gratuitas se han vuelto obsoletas. Por ejemplo, la versión de XMol para SGI no funciona en IRIX 6.x debido a que IRIX ha cambiado a un nuevo formato ejecutable.

El abandono de XMol dejó una necesidad de una herramienta similar. Dan Gezelter, el creador de Jmol, optó por evitar los mismos problemas haciendo Jmol código abierto. Aunque no ha cumplido por completo el objetivo de reemplazar funcionalmente a XMol, Jmol reproduce muchas de sus prestaciones más útiles y, de algún modo, ha superado la funcionalidad de XMol. Se esperaba que Jmol incluyera con el tiempo prestaciones incluso más avanzadas.

Jmol comenzó como un proyecto de OpenScience, que se dedica a escribir y ofrecer software científico gratuito y de código abierto. Puede conseguir más información acerca del proyecto OpenScience en http://www.openscience.org/

Jmol crece

Más tarde, Bradley A. Smith se hizo cargo del proyecto y trabajó mucho haciendo más eficiente el proyecto y el software. Bajo su liderazgo aparecieron nuevas versiones disponibles para el conjunto de usuarios y se añadieron muchas prestaciones nuevas, algunas de ellas aportadas por los propios usuarios.

A finales de 2002, Egon Willighagen se convirtió en el nuevo líder del proyecto y se comenzó a integrar Jmol con The Chemical Development Kit, algo que ya había sido planeado en septiembre de 2000 por Dan, Egon y Christoph Steinbeck.

Jmol: un sustituto de código abierto para el conector Chime

Miguel se unió al proyecto a finales de 2002, con el propósito explícito de ayudar a convertir Jmol en un sustituto viable para el conector Chime (www.mdlchime.com).

En los primeros meses, Miguel aportó la traducción al español e hizo una transferencia inicial hacia el intérprete de instrucciones de RasMol/Chime. Luego hizo algunas mejoras de eficiencia y comenzó a trabajar en el rendimiento de la representación gráfica y en la rapidez.

Pronto fue evidente que los gráficos Java2D no proporcionaban la eficiencia y funcionalidad necesarias. Además, quedó claro que el núcleo de clases de Jmol no admitiría la eficiencia y los requerimientos de espacio para trabajar con macromoléculas que contienen decenas de miles de átomos.

En la primavera de 2003 Miguel comenzó a diseñar e implementar un motor gráfico de elevada eficiencia basado en software. Para poder asegurar la utilización en la web de la miniaplicación Jmol era importante que el motor corriera en la versión 1.1 de las máquinas virtuales de Java y que no se necesitara un hardware de gráficos especializado.

Miguel reescribió también el núcleo de clases para poder admitir moléculas mucho más grandes. Además, separó el acceso a archivos del núcleo de Jmol, haciendo mucho más sencilla la incorporación de nuevos tipos de archivo.

A finales de 2003 comenzó un prolongado periodo de pruebas. Durante 2004, un pequeño grupo de usuarios de todo el mundo contribuyó al desarrollo de Jmol probándolo, explicando conceptos químicos y explicando los comportamientos de las instrucciones de RasMol y Chime.

La versión 10.0 de Jmol, un sustituto de código abierto para el conector Chime, estuvo disponible en diciembre de 2004. Tras ella llegó, en abril de 2006, una versión mejorada, la 10.2.

Jmol deja atrás a Chime

Poco después de que se publicara la versión 10.2, Bob Hanson comenzó a protagonizar el trabajo en el código de Jmol, y comenzó a añadir prestaciones nuevas que no están disponibles en Rasmol y Chime --muchas de ellas tras tímidas preguntas o sueños de los usuarios--. Como consecuencia de una tremenda cantidad de trabajo, se publicó la versión 11.0 en febrero de 2007, seguida por la versión 11.2 en agosto, la 11.4 a principios de 2008 y la 11.6 en octubre de 2008.

Éstas son algunas de las nuevas prestaciones más destacables:

  • Entrada y salida:
    • Carga de varios archivos, incluso con múltiples modelos cada uno. Es posible cargar los archivos secuencialmente en nuevos "fotogramas" o bien añadirlos al fotograma actual de modo que se combinen dos grupos de datos en uno solo.
    • Grabar y recuperar el estado del modelos. Tales "instantáneas" pueden usarse para copiar el modelo a una ventana emergente, para grabarlo y recuperarlo posteriormente, o para enviar por correo electrónico a un colega una vista específica de un modelo especifico.
    • Compatibilidad con la base de datos PDB "remediada".
    • Compatibilidad con registros SITE en pdb y cif.
    • Lectura de directorios de Mac Spartan06.
    • Lectura de modelos desde archivos zip. Lectura de contenido de texto desde archivos zip y jar.
    • Lectura del formato Molden.
    • Archivos con formato plt de gOpenMol para isosuperficies.
    • Exportación a VRML.
    • Exportación a POV-Ray muy mejorada (sólo en la aplicación).
    • Diversos datos pueden grabarse a un archivo (sólo en la aplicación) o copiarse al portapapeles, incluyendo el modelo, una imagen, el historial de instrucciones, el estado del modelo, el orbital molecular actual o la isosuperficie.
    • Creación en tiempo real de "instantáneas" jpeg de la vista mostrada (aplicación y miniaplicación). La generación programada de éstas mediante un guión permite crear películas usando herramientas comunes.
    • La aplicación Jmol incluye el complemento WebExport, que permite crear fácilmente páginas web que incluyen una miniaplicación mostrando la vista actual del modelo.
  • Variables Jmol y aritmética:
    • Uso de variables y operadores aritméticos.
    • Estructuras if/else/endif en los guiones.
    • Estructuras if/while/for.
    • Se puede leer un gran número de propiedades, lo que hace de Jmol un portal generalizado para la información estructural de moléculas.
    • Tipos de datos definidos por el usuario y aplicación selectiva al modelo de datos atómicos contenidos en archivos externos, para la visualización de propiedades mediante colores.
    • Se pueden definir variables y manejarlas usando una aritmética sencilla, mediante variables de tipo lógico (verdadero/falso), entero, real, de texto, matrices, puntos o planos.
  • Cristalografía:
    • Se incluye y se maneja el concepto de simetría cristalográfica.
    • Se pueden definir grupos espaciales arbitrarios y celdillas unitarias, para cualquier modelo en cualquier formato de archivo, incluso si tal información no está contenida en el archivo y si las coordenadas no son fraccionarias.
    • Secciones planas a través de un modelo basadas en los planos de los índices de Miller.
    • Opciones ampliadas para la celdilla unitaria y la caja envolvente.
  • Guiones:
    • Se pueden designar funciones de retrollamada (callback) sobre la marcha.
    • Se implementa un mecanismo robusto de colas para los guiones, de modo que es posible iniciar varios guiones sin riesgo de que uno interrumpa al otro.
    • Se incorpora en Jmol.js capacidad para AJAX, de modo que una miniaplicación en cualquier página web puede acceder a un modelo en cualquier ubicación de internet en cualquier momento.
    • Nueva instrucción message para comunicar el estado de un guión a la página mientras se ejecuta el guión.
    • Es posible definir macros, subrutinas y funciones.
  • Edición del modelo:
    • Se pueden crear, modificar y eliminar enlaces a voluntad, incluyendo los sencillos, múltiples, aromáticos y varios tipos de enlaces parciales.
    • Es posible mover los átomos de sus posiciones originales definidas en el archivo.
    • Translación, rotación, giro o inversión a través de un punto o un plano para los átomos que se seleccionen.
    • Las propiedades de los átomos pueden establecerse usando las matemáticas de Jmol o con una matriz.
  • Biopolímeros:
    • Hélices en forma de cilindros en lugar de "cohetes".
    • Recálculo de estructura secundaria sobre la marcha tras seleccionar un grupo determinado de posiciones alternativas de los átomos.
    • Generación de una representación de Ramachandran interactiva, calculada a partir del modelo.
  • Superficies:
    • Objetos dibujados: esferas, elipsoides, vectores de dipolo, puntos, líneas, triángulos y cuadriláteros, flechas rectas y curvas en tres dimensiones.
    • Superficies pmesh no planas.
    • Orbitales LCAO esquemáticos.
    • Superficies f(x,y) arbitrarias.
    • Isosuperficies no dependientes de archivos cube.
    • Gestión de orbitales moleculares.
    • Cálculo directo de superficies de orbitales moleculares a partir de datos de orbitales atómicos y coeficientes en el archivo.
    • Mapas de potencial electrostático molecular a partir de datos de carga en el archivo.
    • Superficies moleculares: con radio atómico fijo, con radio de van de Waals ajustable, de accesibilidad al disolvente, de exclusión del disolvente, cavidades biomoleculares.
    • Superficies creadas automáticamente mediante instrucciones de guión en la aplicación.
    • El formato de archivo Jmol Voxel (JVXL), con una compresión entre 300 y 600 veces superior a los archivos cube con mapa de colores, permite suministrar superficies de accesibilidad al disolvente o de exclusión para proteínas completas, con mapa de colores. La aplicación Jmol puede grabar a disco tales superficies y luego la miniaplicación las puede mostrar casi instantáneamente.
    • Planos y superficies arbitrarias f(x,y) con curvas de nivel coloreadas.
    • Mapeo en isosuperficies de datos de potencial electrostático molecular y de orbital molecular sobre planos.
    • Cálculo de la distancia a una superficie.
  • Anotación del modelo mediante texto colocado en cualquier coordenada {x y z}.
  • Selección y eliminación de átomos basada en uno o varios planos.
  • Un modelo en concreto puede designarse como modelo "de fondo" en situaciones multimodelo.
  • Coloración personalizada del modo estereográfico.
  • Puede hacerse rotar y girar el modelo alrededor de cualquier eje relativo a la molécula, independientemente de la orientación elegida por el usuario.
  • El modo de navegación permite "vuelos a través" del modelo.
  • Nueva semitransparencia de los objetos, produciendo una representación vívida de varios objetos translúcidos con ocho grados de transparencia.
  • Suavizado (antialiasing) en la visualización y en las imágenes exportadas.
  • El idioma de la interfaz se puede cambiar en cualquier momento, desde el menú emergente o desde un guión.
  • El menú emergente se puede personalizar.
  • Títulos para los fotogramas y textos "echo" específicos para cada modelo.
  • Cambio del modelo al modo alambres mientras se lo hace girar.
  • Se pueden sincronizar varias miniaplicaciones de una página, de modo que las acciones sobre el modelo de una de ellas se transmitan a los de otras.

Historial de cambios

Consulta también la página de noticias.

Hay listados y demostración de las nuevas prestaciones para la última versión | Jmol 11.8 | Jmol 11.6 | Jmol 11.4 | Jmol 11.2 | Jmol 11.0 | Jmol 10.2.

Historial anterior:

jmol-10.??

  • Altered CmlReader.java adapter to allow cml input to applet by reading DOM nodes from the browser. (TOHW)
  • Completed much of the CdkJmolAdapter: PDB properties are now supported, and ChemSequence/ChemModel is mapped to AtomSetCollection/AtomSet. (EW)
  • Added reading of input structures from Mopac files. (EW)
  • Added Folding@Home (folding.stanford.edu) current.xyz files reader. (NV)
  • Added Unicode support in scripts. (MTH)
  • Added rendering of mesh surfaces.
  • Added rendering of polyhedrals. (MTH)
  • Added Drag-and-Drop to the application for JVM 1.5 and better. (ST)
  • Added the DADMLBrowser plugin allowing retrieving chemical information from the internet by queries on indices and URIs like dadml://any/pdbid?1CRN. (EW)
  • Added support for Spartan '04 smol files. (EW)
  • Added substructure command for SMILES pattern matching. (NV)
  • Dutch, Estonian, Hungarian, Portuguese, Romanian translations of Folding@Home webpage. (PV,IS,FL,CPN,TIM)
  • Spanish translation of Application, Applet and website. (AH)
  • Estonian translation of Application and Applet. (IS)

jmol-10

  • Rearchitected and reimplemented Jmol core (MTH)
  • Architected and implemented org.jmol.g3d graphics rendering engine for high-performance 3D rendering of molecules without hardware support (MTH)
  • Architected and implemented org.jmol.viewer core data structures (MTH)
  • Architected and implemented support for protein secondary structures (MTH)
  • Rearchitected and reimplemented file io system (MTH)
  • Architected org.jmol.api.JmolAdapter api to separate file IO from graphics rendering (MTH)
  • Wrote org.jmol.adapter.smarter.Resolver to provide automatic identification of file types (MTH)
  • Implemented most file types within org.jmol.adapter.smarter, including xyz, mol, pdb, cif/mmCif, gaussian, jaguar, shelx, etc. (MTH)
  • Wrote Jmol.js JavaScript library to facilitate development of web applications. (MTH)
  • Wrote JmolAppletControl mechanism to support browsers without JavaScript (MTH)
  • Extended and ensured portability of core JmolApplet to web browsers with Java 1.1, including Netscape 4.7 and Internet Explorer on both Win32 and Mac OS 9 (MTH)
  • CmlReader, CdkModelAdapter, cdk integeration, wiki, general project administration (EW)
  • Provided significant support and testing in the areas of polymer definitions, web application development, JavaScript, and Mac OS X portability. (TD)
  • French translation, code cleanup, JavaDoc, readers (NV)
  • AtomSetChooser mechanism, improved Gaussian reader, implemented NWChem reader (RK)
  • Assistance in areas of multiple models, insertion codes, polymer definitions, applet testing (JR)
  • wiki.jmol.org (OS)
  • Interactive scripting tutorial, applet testing (RH)

jmol-9

  • Activated a plugin architecture for CDK plugins. (EW)
  • Fixed a number of IO bugs (closes #783663, #823957 and #826934) (EW)
  • Fixed run target in Ant build.xml. (EW)
  • Added feedback on memory usage to statusbar. (EW)
  • Added reader and writer for HIN (HyperChem) format (RG)
  • Added help button in script window. (EW)
  • Added license item in help menu. (EW)
  • Fixed calculation of unit cell angles in crystal property box (closes #865393 and #863644). (EW)
  • Fixed reading of unit cell angles from ShelX files. (EW)

jmol-8

  • Made detection of MDL mol files more flexible, allowing v2000 with lower case too. (EW)
  • Auto-decompress gzipped files. (MTH)
  • Corrected documentation to state that J2SE 1.4 is required (closes #769822). (EW)
  • Implemented a script command history. (AS)
  • Fixed ReaderFactory buffer.reset() problem (closes #799963) (MTH)
  • Fixed reading of CML2 style crystal data (closes #792091), and detection of CML files without the XML declaration. (EW)
  • Repaired Recent Files, add double Click to select, fixed window Title. (MTH)
  • Added a --help option to the command line. (EW)
  • Added JmolAppletProxy to allow applets to fetch remote files. (MTH)
  • Added Chinese GUI translation. (CPY)
  • Added CIF/mmCIF reader with minimal features. Reads unit cell parameters, and atomic coordinates, but not space group symmetry operations (effectively only P1 correctly). (EW)

jmol-7

  • Reimplementation of rebonding algorithm using BST. (MTH)
  • Added VASP reader. (FD)
  • Added Gaussian 03 reader. (JRK)
  • Fixed reading of frequencies in Jaguar 4.2.77 output files (bug #749430). (EW)
  • Fixed reading of frequencies in AcesII output files (bug #740967). (EW)
  • Added new window option (feature #743640). (CR2)
  • Fixed reading of some ABINIT output files (feature #746494). (FD)
  • Fixed some JavaDoc. (EW)

jmol-6

  • Reimplementation of rendering with perspective depth support and performance improvements. (MTH)
  • Moved IO classes into separate package. (EW)
  • Moved rendering classes into separate package. (MTH)
  • Jmol is now based on CDK (Chemistry Development Kit). (EW)
  • Added Spanish translation. (MTH)
  • Display speed can be displayed in milliseconds and in frames per second. (EW)
  • Reimplementation of scripting functinality with support for most RasMol/Chime scripting commands. (MTH)

jmol-5

  • Internationalized Jmol and added Dutch translation. (EW)
  • Fix for reading some of MOPAC 2002 files. (Files without a blank line after the coordinates.) (BS)
  • Fix reading of large PDB files. Multiple models are read into separate frames. (BS)
  • Improved reading of PDB atom types by using element from first two columns of atom name. (BS)
  • Temporary removal of defective parsing CONECT fields by PDB reader. Once fixed, the feature will be reinstated. (BS)
  • Crystal properties dialog, and unit cell visualization has been added. (FD)
  • ABINIT energy data reading is added. (FD)
  • Added reader for ShelX97 files containing a crystal structure. (EW)
  • Translated the Jmol GUI into Spanish. (MTH)
  • Fixed the PropertyGraph. Data is no longer duplicated on reopening the dialog and data of previous file is deleted when opening a new one. (EW)
  • Fixed NullPointerException in deleting atom, and bug in determining wether the ChemFrameRenderer should update its cache. (EW)

jmol-4

  • Reading of MOPAC 97 and 2002 files. Formerly, only MOPAC 7 files worked. (BS)
  • Jmol can now also read files in non-CML with the command "jmol <filename>". (feature #555462). (EW)
  • The PDB reader now also parses CONECT fields and implements Rasmol's perception of bond orders. (EW)
  • Atoms can now also be colored by their partial atomic charge. (feature #552476) (EW)
  • Addition of a ABINIT reader. (FD)
  • PDF export. (feature #533212) (BS)

jmol-3

  • Export of BMP and PNG images. (CR)
  • Rendering of multiple bonds. (BS, JJ)
  • Scaling of vector arrowheads by magnitude which shows significant vectors more clearly. (BS)
  • Fixed bugs 547574 and 548591. (BS)
  • Adjustable scaling of vector length from -2.0 to 2.0 times length. (BS)
  • Import of Ghemical MM files. (EW)
  • Automatic file type determination used for all loading of files. (BS)

jmol-2

  • Relicensed as LGPL.
  • Simplified interface by combining toolbars and removing unimplemented menu items. (BS)
  • Improved interface to POV-Ray. (MM)
  • Fixed vector rendering. (BS)
  • MDL file reader. (JJ)
  • Fixed reading certain GAMESS and Dalton files. (bug #529999)
  • Major update CML import.

jmol-1.2

  • Fixed line separator for XYZ output. (bug #519101)
  • Added rudimentary PDB output. (bug #519100)

jmol-1.1

  • Bugfix release
  • Fixed PDB reading. (bug #496332)
  • Fixed jmol script to work on Solaris. (bug #425925)
  • Added workaround for precompiled Jmol on Solaris. (bugs #426229, #508364)
  • Removed infinite loops. (bug #426679)
  • Fixed problems with file type setting
  • Added cancel button to RecentFiles dialog
  • Bond computation is now really setable. (bug #431146)

jmol-1

  • Reads output files from Jaguar, Dalton, MOPAC, and Gaussian 90/95. (BS)
  • Migrated development to SourceForge.net
  • New versioning scheme
  • Maintenance

jmol-0.6.1

  • Many minor bugfixes (DG)
  • Progress on JmolApplet (TG,BS)
  • JmolFileFilter (TG)
  • Bug fix in Animate (DG)
  • Splash screen now has a status line (TG)
  • DisplaySettings no longer used as static (BS)
  • CMLReader replaces CMLFile (BS)
  • Fewer dependencies on jmol.home property (BS)

jmol-0.6

  • New ChemFileReader/ReaderFactory architecture (BS)
  • Can now read files from the following ab initio quantum chemistry programs: GAMESS, Gaussian92, Gaussian94, Gaussian98, Amsterdam Density Functional (ADF), Advanced Concepts in Electronic Structure II (ACES2) (BS)
  • Animation of pre-computed Normal Mode Vibrations via the Extras -> Vibrate command (BS)
  • Entirely new distance, angle, and dihedral measurement architecture (DG)
  • Choice of smoother animation using interpolated frames (EW)
  • Wireframe rotation code and menu choices (TG,DG)
  • Jmol console to capture stdout and stderr (CF,BS)
  • DisplaySettings moved out of various classes and into a single class (BS)
  • Split of AtomType functionality into BaseAtomType (BS)
  • Test Classes for various other classes (BS)

jmol-0.5

  • Numerous small bug fixes. (DG)
  • FileSaver, XYZSaver and CMLSaver classes are new. You can now save the current structure to either XYZ or CML formats. (DG,EW)
  • Package name is now org.openscience.jmol. (DG)
  • Modifications to the CML parsing routines to use the new CML-1999-05-15.dtd (EW)
  • DTD resolver that allows us to embed the current DTD in the jar file. (DG)
  • Rewrite of file-I/O routines. They all implement ChemFile now. (DG)

jmol-0.4

  • Jmol can now parse Chemical Markup Language (CML) files thanks to E.L. Willighagen (EW)
  • Many internal changes in the AtomType JTable supporting classes to reverse some stupid decisions I made early on. (DG)
  • AtomTypeTable now stores the AtomType information as a resource (DG)
  • Changes in AtomTypeTable headers to support multiple line headers (DG)
  • StatusBar is now a 3-wide set of JLabels that post more useful information (DG,CS)
  • Swing 1.1.1 Beta 2 (HTML labels if we want to use them) (DG)

jmol-0.3

  • PhysicalProperties (Charges, NMRShieldings, Vectors, etc.) can be set by the file readers. Christoph Steinbeck asked for this originally when he wrote GaussianFile. It was a good idea, and was worth the extensive rewrite. (DG)
  • Swing 1.1.1 Beta 1 (fixes some annoying bugs for Java 1.1 users) (DG)
  • The GaussianFile class has been updated to read general Gaussian files (not just G98) and to automatically compute chemical shifts using stored ab initio values for tetramethyl silane's chemical shift. (CS)
  • Some bug fixes. (DG)
  • Shaded bonds that look like cylinders. Well, at least they look a little bit like cylinders. End caps would be a nice addition, but I've been a bit busy lately. (DG)
  • FileTyper and ImageTyper accessories for JFileChooser make choosing file types more sensible than just using the filename filter. These classes were rationalized after 0.2 had already been released. They also listen to the JFileChooser to try to guess what kind of file you just selected (only if UseFileExtensions is set). (DG)

jmol-0.2

  • Many internal changes.
  • Jmol has moved to a new home. I've been working on a web site called "The OpenScience Project", and have registered a domain for it, so Jmol is the first of the software projects that is housed at www.openscience.org (DG)
  • Christoph Steinbeck contributed a new input filter for Gaussian 98 log files, complete with a parser for NMR chemical shifts. (CS)
  • The file readers now subclass a more general (but very simple) ChemFile class. This should make addition of other file readers easier. (DG)
  • File Type selection is no longer dependent on the file's extension. You can select a "*.jnk" file and explicitly tell Jmol what kind of file it is when opening the file. (DG)
  • There is a strange interaction between fillPolygon in jdk1.2 and the X server under Solaris x86. (And circles under jdk1.2 look lumpy on many architectures.) I've built a workaround into Jmol which involves talking directly to the Graphics2D object underlying the display panel to set some Rendering hints. This workaround has the benefit of making some really nice pictures when you want high quality (but lower speed). If you have jdk1.2, turn on AntiAliasing in the Preferences to see the difference. An unfortunate side effect is that you now need the jdk1.2 classes to compile (but not run) Jmol. (DG)
  • A Jpeg encoder has been added. The JpegEncoder and its associated classes are Copyright (c) 1998, James R. Weeks and BioElectroMech. This software is based in part on the work of the Independent JPEG Group. (DG)
  • Build process now uses a Makefile. (DG)
  • The Makefile now has the ability to create javadocs of the source code. (HG)

jmol-0.1.1

  • Removed the extra double-buffering that resulted from not understanding that Swing components are automatically double-buffered. This resulted in substantial performance improvements. (DG)
  • Fixed some depth strangeness in the drawn atom sizes. (DG)
  • Fixed the bonds so that they render more realistically as the molecule is being rotated. End caps for the bonds are still in progress. (DG)
  • Reordered the toolbar buttons and added a button for molecule deformations that will eventually do something useful. (DG)

jmol-0.1

  • There are some major new features, so the minor version number has been incremented. (DG)
  • Atom Types are now editable using "Atom Properties" in the Edit Menu. This added a large chunk of interface code to do the JTable and cell editors and column sorters. The edited atom types are saved in the .jmol directory under the user's home directory. (DG)
  • The Preferences dialog now saves preference info in the .jmol directory under the user's home directory. (DG)
  • Reorganization of classes into a jar file. (DG)
  • An atom selection mechanism now is working. (DG)
  • Reorganization of source: BondTypeTable is gone, BondType is now replaced by Bond. Many other changes for new AtomTypeTable. (DG)
  • Silly little Splash screen, but it makes startup feel faster when there is something popped up on the screen almost immediately.
  • There is now a "Front" item in the View menu. The View menu actions are not intuitive yet, so they will be changing in a future version. Don't get used to them. (DG)
  • There is a new "fast forward" button in the Animate dialog that takes the animation to the last frame. (DG)
  • The Rewind, FastForward, Next, and Previous buttons in the Animate dialog now stop the animation when they are pushed. (DG)
  • Swing version incremented to 1.1

jmol-0.0.4

  • Now using swing-1.1beta3, with all of the associated package name changes from com.sun.java.swing to javax.swing (DG)
  • Fixed bug in jmol.bat script (DG)
  • "What's New" menu item in "Help" menu displays a dialog with the contents of this file (DG)
  • "doc" subdirectory, empty for now, but it's the thought that counts (DG)

jmol-0.0.3

  • Image encoders courtesy Jef Poskanzer were used to export GIF and PPM files (DG)
  • New "Display" Menu with submenus for atoms, bonds, and labels (DG)
  • New Icons courtesy Dean Jones were used whenever possible (DG)

jmol-0.0.2

  • Atom Labels (DG)
  • multi-frame XYZ file-reads (DG)
  • Animation (DG)
  • Preferences dialog (DG)

jmol-0.0.1

  • Everything (DG)
  • Sensible polygon vertexes for QuickDraw Bonds (MB)
  • single-frame XYZ file reads (DG)

Colaboradores

Miguel Howard (miguel@jmol.org)
Egon Willighagen (egonw@sci.kun.nl)
Tim Driscoll (driscoll@molvisions.com)
Nicolas Vervelle (nvervell@club-internet.fr)
Simon Tyrrell (smt40@cam.ac.uk)
Oliver Stuker (revilo@oc38.uni-paderborn.de)
Rene Kanters (rkanters@richmond.edu)
Bob Hanson (hansonr@stolaf.edu)
Jan Reichert (jr@imb-jena.de)
Fabian Dortu (fabian.dortu@wanadoo.be)
Bradley A. Smith (bradley@baysmith.com)
Dan Gezelter (gezelter@openscience.org)
Christoph Steinbeck (steinbeck@ice.mpg.de)
Tom Grey (t.grey@ic.ac.uk)
Charles Fulton (fultoncr@ucarb.com)
Mike Beachy (beachy@alum.mit.edu)
Hugo Garcia (elhugo@objectchemistry.org)
Matthew Meinek (mmeineke@nd.edu)
Jochen Junker (jochen.junker@yale.edu)
Christian Ribeaud (christian.ribeaud@genedata.com)
Jonathan C. Rienstra-Kiracofe (jrienst@emory.edu)
Carl Resnikoff (carl@resnikoff.net)
Agustí Sánchez (asanc@users.sourceforge.net)
Chih-Peng Yang (cpyang@siraya.net)
Rajarshi Guha (rxg218@psu.edu)
Tache Ionut Madalin (madalin@notme.org)
Friedmann Lívia (semper_fi@galamb.net)
Ivo Sarak (ivo@vendomar.ee)
Clodoaldo Pinto Neto (clodoaldo.pinto@gmail.com)
Peter Vanwing (gagaman@gmail.com)
Angel Herráez (angel.herraez@uah.es)
Toby White (tow21@cam.ac.uk)


Alojado en SourceForge Logo