FAQs Jmol

A propos du projet Jmol

Comment écrire Jmol?

J en majuscules, mol en minuscules

Ne l'écrivez pas autrement, svp ... pour éviter la confusion avec d'autres projets ... continuez la lecture ...

Y-at'il un autre JMol?

Oui, il y a un projet appelé JMol ... mais pas Jmol ... remarquez la différence dans l'écriture.

Will York a écrit l'outil JMol pour le Complex Carbohydrate Research Center, University of Georgia, USA. La page web principal est à http://www.ccrc.uga.edu/~will/jmol/jmol.html

Comment faire référence à Jmol dans des papiers publiés?

Aussi bien sur le web que dans des papiers publié, vous devriez faire référence à avec son site web ... www.jmol.org

Prérequis matériel

Quels sont les prérequis matériel minimum?

Processeur 400 Mhz + 128 Mo RAM
Il n'y a pas de minimum absolu. C'est un minimum pratique. Les performances dépendent de la taille de la molécule, de la taille de la fenêtre et de la complexité de l'image.

Ques sont prérequis matériel recommandés?

Processeur 750 Mhz + 256 M0 RAM -- Bien sûr, plus c'est mieux.

Est-ce que OpenGL ou du matériel 3D est nécessaire pour faire tourner la JmolApplet?

Aucun matériel particulier n'est nécessaire pour faire fonctionner la JmolApplet.

Le moteur graphique est un z-buffer implémenté en Java, et conçu pour dessiner des molécules. (En fait, conçu uniquement pour Jmol.)

Prérequis système pour l'Application

Sur quelles plateformes fonctionne l'application Jmol?

L'application devrait fonctionner sur n'importe quel système qui supporte Java 1.4. Les versions précédentes de Java ne sont pas supportées.

Performances

Les perfomances sont bonnes! Pourquoi est-ce si rapide?

On n'utilise pas d'appels graphiques Java. L'image complète est construite hors écran et envoyée à l'écran avec une seule opération java.awt.Graphics.drawImage.

La vitesse de dessin est vraiment lente. Que puis-je faire?

• Trouver une machine plus rapide ... de ce siècle
• Convaincre Sun de régler les problèmes de performance graphique
• Revoir le code source et touver un moyen de l'accélerer

Est-ce qu'une carte graphique 3D améliorera les performances?

Une carte graphique très performante aidera sans doute. Le système sous-jacent passe pas mal de temps à copier des bitmaps 32 bits RGB à l'écran. Mais aucune possibilité 3D de la carte ne sera utilisée.

Pourquoi est-ce que çà devient si lent quand j'agrandis la fenêtre?

Deux fois plus de pixels implique deux fois plus de travail ... et si votre applet est deux fois plus large et deux fois plus haute vous avez 4 fois plus de pixels, vous avez donc 1/4 de la vitesse.

Graphiques et rendu

Quelles sont les différences avec Jmol v10?

Un nouveau moteur graphique 3D a été développé pour Jmol v10 pour correctement supporter les intersections de formes. C'est important quand on visualise des modèles moléculaires remplis.

Le moteur 3D a aussi des performances nettement supérieures avec des grosses molécules.

Je vois des défauts. Pourquoi les dessins ne sont-ils pas anti-aliasés?

Aucun appel graphique java n'est utilisé pour la construction de l'image. La scène complète est construite en mémoire et transferrée à l'écran avec une seule opération drawImage.
Hé ... vous n'êtes pas la personne qui se plaignait de la vitesse? (Une version future incluera Full-Scene-Anti-Aliasing.)

Mais j'ai besoin d'images de meilleur qualité ...

Utilisez l'application Jmol et exportez vers PovRay.

Est-ce que Jmol supporte les isosurfaces?

Pas encore. C'est relativement dans notre liste de priorités.

Quelles formes Joml supporte pour les structures secondaires des protéines?

En utilisant la terminologie RasMol/Chime, Jmol supporte actuellement backbone, trace, strands, meshribbons, ribbons, et cartoons.

Déploiement de JmolApplet

Pour l'applet, que doit être installé sur les machines clientes?

Aucun logiciel spécial spécifique à Jmol n'a besoin d'être installé sur les machines clientes.

Les machines clientes n'ont besoin de rien d'autre qu'un navigateur web qui supporte Java. Quand un client visite une page web contenant la JmolApplet, l'applet est automatiquement téléchargée depuis le serveur web et exécutée.

La JmolApplet fonctionne sous la forme d'une applet non sûre. L'applet ne demande pas de confirmation de la part de l'utilisateur pour se charger et se lancer.

Librairie JavaScript Jmol.js

Utilisez la Librairie JavaScript Jmol.js pour allouer vos applets à l'intérieur de vos pages web.

La JmolApplet peut-elle être installée localement de façon permanente comme un plug-in?

NoN

Les applets sont mises en cache dans le cache local du navigateur. Les utilisations suivantes de l'applet récupèreront l'applet depuis le cach (après avoir vérifié que les date/heure/taille n'ont pas changé sur le serveur web). Au moins, c'est la théorie ... et çà marche correctement sur les navigateurs que j'ai vu :-)

Il faut noter que je creuse plusieurs pistes pour prendre en compte cette demande. Je pense qu'il est possible d'arriver à une solution qui permettrait une installation en local pour faciliter l'utilisation offline. Les problèmes sont 1) complexité associée à une installation locale pour les utilisateurs finaux, et 2) problèmes de contrôle de version quand différents sites web utilisent différentes versions de l'applet Jmol.

Utilisez des applets CARREES

Vous devriez probablement utiliser la Librairie JavaScript Jmol.js

Les applets devraient généralement être carrées ... largeur == hauteur.

C'est parce que la molécule sera automatiquement zoomée pour qu'elle tienne dans la plus petite des deux dimensions. Les autres pixels ne seront jamais utilisés (à moins que le zoom ne soit utilisé). Néanmoins, ces pixels doivent être effacé avec la couleur de fond à chaque fois que la fenêtre est redessinée. Ce nettoyage est une opération relativement coûteuse.

Utilisez des largeurs & des hauteurs de pixels FIXES, pas des pourcentages

Vous devriez probablement utiliser la Librairie JavaScript Jmol.js

<applet ... width='{n}' height='{n}' ... > où {n} = 300, 400, 600 ... vous voyez l'idée.

Bien que la plupart des navigateurs permettent de spécifier la largeur et la hauteur de l'applet en pourcentages, en pratique ceci entraône de nombreux problèmes. Ceci a tendance à déclencher de nombreuses anomalies du navigateur pendant les opérations de redimensionnement de fenêtre.

Quels types MIME doivent être installés sur le serveur?

Aucun. Le serveur ne nécessite pas de configuration spéciale.

Les applets ne sont pas associées avec des types MIME de la même manière que les plugins. Tandis que le plugin Chime nécessite une configuration du serveur web, pas l'Applet Jmol.

Jetez un oeil à la Note Technique à Browser Enhancement Technologies

Dois-je utiliserAPPLET, OBJECT or EMBED pour mon tag html?

Vous devriez probablement utiliser la Librairie JavaScript Jmol.js

Utilisez toujours le tag APPLET.

Ne soyez pas influencé par la document développeur du Plug-in Java Sun!

Malheureusement, la documentation du Plug-in Java Sun ne fait pas un bon travail d'explication de l'état actuel du monde. Le document a été plusieurs années auparavant et a besoin d'un bon coup de balai. A beaucoup d'endroits, il recommande encore l'utilisation du tag OBJECT. C'était la façon de fair jusqu'en 2002. Depuis, le Plug-in Java Sun a le support direct pour le tag APPLET sur Microsoft Internet Explorer, et ce problème a presque disparu. Cependant Sun doit conserver le document pour les application legacy corporate intranet qui ont été déployées en utilisant le tag OBJECT.

Le chapitre 12 du guide du développeur du Plug-in Java Sun dit:
Avec Internet Explorer, il est recommandé d'utiliser le tag APPLET pour le déploiement internet.
...
Avec Netscape, il est recommandé d'utiliser le tag APPLET pour le déploiement internet.

J'ai des problèmes avec loadInline

Vous devriez probablement utiliser la Librairie JavaScript Jmol.js

Assurez-vous de faire une distinction claire entre le param tag loadInline et la méthode loadLine.

Le paramètre loadInline ne semble pas fonctionner

Vous devriez probablement utiliser la Librairie JavaScript Jmol.js

Malheureusement, le mécanisme du parm tag loadInline est plutôt sale .. la spécification HTML nous cause quelques problèmes.

La spécification HTML oblige les caractères de retour à la ligne d'être supprimé (et les caractères de retour à la ligne sont transformés en espaces) avant que la paramètre ne soit passé à l'applet. En conséquence, le navigateur enlève les caractères de retour à la ligne avant qu'ils ne soient envoyés à l'applet.

Jmol a une syntaxe spéciale pour contourner ce problème. Vous mettez une barre verticale au début de chaque ligne ... comme ceci:

	...
	<param name="loadInline" value="
|put your
|molecular model
|data here
" />

La JmolApplet remplacera les barres verticales avec des caractères de retour à la ligne (tous les espaces blancs avant la première barre verticale sont supprimés).

Si vous avez une chaîne de caractères avec un modèle moléculaire et que vous souhaitez le convertir, vous pouvez utiliser une expression régulière pour effectuer la substitution. Les différentes plateformes utilisent des conventions différentes pour les fins de ligne, votre code devrait vérifier trois séquences de fin de ligne différentes ... carriage-return, linefeed, or carriage-return linefeed.

En Perl: myMolecularModel ~= s/\r|\n|\r\n/|/g;

En JavaScript: myMolecularModel.replace(/\r|\n|\r\n/g, "|");

Questions sur le langage de script

rotate Z ; rotate Y ; rotate Z

Quand vous exécutez une commande show orientation, elle produit trois rotations axiales qui remettront la molécule dans son orientation actuelle. Ce type d'orientation par rotation dans un espace en 3 dimensions est connue comme un Angle Euler.

Malheureusement, il y a plusieurs conventions pour les Angles d'Euler. Les plus courantes sont Z-X-Z (la convention-x) et Z-Y-Z (la convention-y). La Z-Y-z (convention-y) est généralement suivie en mécanique quantique. Donc, Jmol utilise la convention-y.

Pour de plus amples informations, se reporter à
http://www.algebra.com/algebra/about/history/Euler-angles.wikipedia
http://mathworld.wolfram.com/EulerAngles.html http://casgm3.anorg.chemie.uni-tuebingen.de/klaus/nmr/conventions/euler/euler.html

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