Preguntas frecuentes sobre Jmol

Acerca del proyecto Jmol

¿Cómo se escribe Jmol?

J mayúscula, mol en minúsculas

Por favor, no lo escribas de otro modo, para evitar confusión con otros proyectos (sigue leyendo)

¿Hay otro JMol?

Sí, hay un proyecto llamado JMol ... pero no Jmol ... fíjate en la diferencia en la M.

Will York (del Complex Carbohydrate Research Center, University of Georgia, USA) escribió el visor JMol. Su página principal estaba en http://www.ccrc.uga.edu/~will/jmol/jmol.html (ya no está ahí).

¿Cómo me refiero a Jmol en artículos publcados?

Tanto en la web como en artículos publicados debes citar a Jmol así:
Jmol: un visor Java de código abierto para estructuras químicas en tres dimensiones. http://www.jmol.org/
o bien en inglés:
Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D. http://www.jmol.org/

Requisitos de hardware

¿Cuáles son los requisitos mínimos de hardware?

Un procesador a 400 MHz y 128 Mb de RAM
No hay un mínimo absoluto; éste es un mínimo en la práctica. Las prestaciones dependen del tamaño de la molécula, el tamaño de la ventana y la complejidad de la imagen.

¿Cuál es el hardware recomendado?

Un procesador a 750 MHz y 256 Mb de RAM; por supuesto, cuanto más mejor.

¿Se necesita OpenGL o hardware 3D para usar JmolApplet?

No se requiere un hardware especial para usar la miniaplicación JmolApplet.

El motor de gráficos es un z-buffer implementado en Java y diseñado para representar moléculas. (De hecho, diseñado sólo para Jmol.)

Requisitos de sistema para la aplicación

¿En qué plataformas funciona la aplicación Jmol?

La aplicación o programa autónomo Jmol debería funcionar en cualquier sistema que admita Java 1.4. No es compatible con versiones de Java anteriores.

Rendimiento

¡El rendimiento es muy bueno! ¿Por qué es tan rápido?

No usa llamadas a gráficos de Java. Toda la imagen se construye fuera de la pantalla y se envía a la pantalla en una sola operación java.awt.Graphics.drawImage.

La representación gráfica es muy lenta. ¿Qué puedo hacer?

• Consigue un equipo más rápido -que se haya fabricado en este siglo-.
• Convence a Sun para que arregle los problemas de eficiencia de gráficos.
• Revisa el código fuente y encuentra algún modo de acelerarlo.

¿Mejorará el rendimiento una tarjeta gráfica 3D?

Seguramente, una tarjeta gráfica de alto rendimiento ayudará. El sistema subyacente emplea mucho tiempo transfiriendo imágenes RGB de 32 bits a la pantalla. Sin embargo, no se utilizará ninguna prestación 3D de la tarjeta.

¿Por qué se ralentiza mucho cuando hago más grande la ventana?

El doble de píxeles supone el doble de trabajo ... y si la miniaplicación es el doble de ancha y de alta, eso supone cuatro veces más píxeles, de modo que alcanza un cuarto de velocidad.

Gráficos y representación

¿Cuál es la diferencia en los gráficos para Jmol v10?

Para Jmol v10 se ha desarrollado un nuevo motor de gráficos tridimensionales, con el fin de admitir correctamente formas intersecadas. Esto es importante para ver los modelos moleculares en representación espacial compacta (esferas).

Además, el nuevo motor 3D ha mejorado mucho el rendimiento con las moléculas más grandes.

Veo imágenes dentadas. ¿Por qué los gráficos no tienen suavizado de bordes?

No se usan llamadas gráficas de java para construir la imagen. La escena completa se construye en memoria y se transfiere a la pantalla en una sola operación drawImage.
¿No eras tú quien se quejaba de la velocidad? (En una versión futura se incluirá suavizado de la escena completa.)

Necesito algunas imágenes de calidad superior

Utiliza la aplicación Jmol (no la miniaplicación) y exporta a PovRay.

¿Admite Jmol isosuperficies?

Sí. A partir de la versión 10.2, Jmol tiene algunas prestaciones para representar isosuperficies, muy ampliadas en la versión 11.0.

¿Qué formas aporta Jmol para la estructura secundaria de proteínas?

Usando terminología de RasMol/Chime, Jmol actualmente ofrece esqueleto (backbone), cordón o trazo (trace), hebras (strands), cintas en malla (meshribbons), cintas (ribbons) y esquemático (cartoons).

Despliegue de JmolApplet

Para la miniaplicación, ¿qué hay que instalar en los equipos cliente de web?

No se necesita instalar software específico de Jmol en los equipos cliente.

Los equipos cliente sólo necesitan un navegador web que admita Java. Cuando un cliente visita una página web que contiene el JmolApplet, éste se descarga automáticamente desde el servidor web y se ejecuta.

JmolApplet se ejecuta como una miniaplicación no confiable, por lo que no se requiere ninguna confirmación por parte del usuario para cargarla y comenzar su ejecución. Hay también una versión confiable de la miniaplicación (JmolAppletSigned), para los autores que prefieran aprovechar sus ventajas (puedes conocer éstas en la sección Notas técnicas, Tecnologías de mejora del navegador).

Biblioteca javascript Jmol.js

Utiliza la biblioteca javascript Jmol.js para colocar las miniaplicaciones en tus páginas web.

¿Se puede instalar JmolApplet permanentemente en forma local, como se hace con los conectores?

No.

Las miniaplicaciones se almacenan en la caché local del navegador. En siguientes usos de la miniaplicación, ésta se tomará de la caché (tras confirmar que no han cambiado la fecha, hora y tamaño en el servidor web). Al menos, esa es la teoría ... y funciona correctamente en los navegadores que he probado :-)

Nótese que estoy investigando varios planteamientos para atender esta petición. Creo que es posible encontrar un modo de permitir la instalación local para facilitar el uso sin conexión a la red. Los problemas en esto son 1) la complejidad que supone a los usuarios finales una instalación local y 2) problemas de control de versiones cuando distintos sitios web usen versiones diferentes de la miniaplicación Jmol.

Utiliza miniaplicaciones de forma CUADRADA

Probablemente debas usar la biblioteca javascript Jmol.js

Las miniaplicaciones deberían normalmente ser cuadradas (mismo ancho que alto).

Esto se debe a que la molécula se escalará automáticamente ajustándose a la más pequeña de ambas dimensiones. El resto de píxeles no se utilizarán (a no ser que se amplíe). En cualquier caso, esos píxeles deben borrarse con el color de fondo cada vez que se redibuja la ventana, y esta operación de borrado es relativamente costosa.

Utiliza anchos y altos FIJOS, no porcentajes

Probablemente debas usar la biblioteca javacript Jmol.js

<applet ... width='{n}' height='{n}' ... > donde {n} = 300, 400, 600 ... ¿captas la idea?

Aunque la mayoría de los navegadores te permiten indicar el ancho y el alto de la miniaplicación en porcentajes, en la práctica esto genera muchos problemas, pues tiende a disparar muchas anomalías del navegador cuando se redimensiona la ventana.

¿Qué tipos MIME debo instalar en el servidor?

Ninguno. El servidor web no requiere configuración especial.

Las miniaplicaciones no quedan asociadas a tipos MIME, como ocurre con los conectores. Mientras que el conector Chime requiere la configuración del servidor web, la miniaplicación JmolApplet no.

Revisa la nota técnica en tecnologías de mejora del navegador

¿Qué etiqueta html debo usar: APPLET, OBJECT o EMBED?

Probablemente debas usar la biblioteca javascript Jmol.js

Siempre debes usar la etiqueta APPLET.

¡No te dejes confundir por la documentación de desarrollador de Sun Java Plug-in!

Lamentablemente, la documentación de desarrollador de Sun Java Plug-in no explica bien la situación actual del mundo. Ese documento se escribió hace varios años y necesita una buena limpieza. En muchos sitios aún parece recomendar el uso de la etiqueta OBJECT. Así es como se hacían las cosas hasta cerca de 2002. Desde entonces, el Sun Java Plug-in ha tenido compatibilidad para la etiqueta APPLET en Microsoft Internet Explorer y esta cuestión ha desaparecido. Sin embargo, Sun necesita mantener el documento para aplicaciones corporativas en intranet que se desarrollaron usando la etiqueta OBJECT.

El capítulo 12 de la guía para desarrolladores Sun Java Plug-in dice:
Con Internet Explorer se recomienda utilizar la etiqueta APPLET para desarrollos en internet.
...
Con Netscape se recomeinda la utilización de la etiqueta APPLET para desarrollos en internet.

Tengo problemas con loadInline

Probablemente debas usar la biblioteca javascript Jmol.js

Asegúrate de establecer una distinción clara entre la etiqueta param loadInline y el método loadLine.

El parámetro loadInline no funciona

Probablemente debas usar la biblioteca javascript Jmol.js

Lamentablemente, el mecanismo para la etiqueta param loadInline es bastante feo ... la especificación HTML nos causa algunos problemas.

La especificación HTML requiere que los caracteres de salto de línea se eliminen (y los caracteres de retorno de carro se conviertan en espacios) antes de que la cadena del parámetro se transfiera a la miniaplicación. Por lo tanto, el navegador elimina los saltos de línea antes de enviarlos a la miniaplicación.

Jmol tiene una sintaxis especial para rodear este problema. Debes poner una barra vertical al comienzo de cada línea, así:

	...
	<param name="loadInline" value="
|pon aquí los
|datos de tu 
|modelo molecular 
" />

La miniaplicación JmolApplet reemplazará las barras verticales con un carácter de salto de línea. (Los espacios antes de la primera barra vertical se eliminan.)

Si tienes un texto con el modelo molecular y quieres convertirlo, puedes usar una expresión regular para realizar la sustitución. Cada sistema operativo usa convenios diferentes para el fin de línea, por lo que tu código debería verificar tres secuencias diferentes de fin de línea: retorno de carro, salto de línea y retorno de carro + salto de línea.

En Perl: miModeloMolecular ~= s/\r|\n|\r\n/|/g;

En JavaScript: miModeloMolecular.replace(/\r|\n|\r\n/g, "|");

Preguntas de instrucciones

rotate Z ; rotate Y ; rotate Z

Cuando se emite la instrucción show orientation devuelve tres valores de rotación alrededor de los ejes, que devolverán la molécula a su orientación actual. Este tipo de orientación rotacional en el espacio tridimensional se concoe como ángulo de Euler.

Lamentablemente, hay varios convenios diferentes para los ángulos de Euler. Los más frecuentes son Z-X-Z (el "convenio X") y Z-Y-Z (el "convenio Y"). En mecánica cuántica se sigue generalmente el Z-Y-Z, por lo cual Jmol utiliza este "convenio Y".

Hay más información en
http://www.algebra.com/algebra/about/history/Euler-angles.wikipedia
http://mathworld.wolfram.com/EulerAngles.html http://casgm3.anorg.chemie.uni-tuebingen.de/klaus/nmr/conventions/euler/euler.html

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